鉴于传统刑法因果关系理论难以有效的解决环境犯罪，一些新型因果关系理论正逐步兴起和发展，许多在民事法律中的因果关系认定原则被引进到刑法中来。主要有：

（1）疫学因果关系说。

疫学是医学上研究大量流行疫病发生、分布与社会生活因果关系，探求防治对策和规律的科学，从医学领域看，通过疫学所应考虑的相关因素，如某种原因的有害物质同疾病的关系，利用统计学分析方法，在没有A物质就不会产生B种结果的高度盖然性情况下，即可断定A与B有因果关系。构成疫学上因果关系有四个条件：一是该因素在发病一定期间之前曾发生作用；二是该因素作用提高与发病率上升之间有关系；三是该因素减轻与发病率下降之间有关系；四是该因素足以发生该疫病结论可以被生物学合理说明。10 如果某种污染物与某种疾病有疫学上因果关系，就足以认定两者有刑法上因果关系。

该原则已为1968年富士地方裁判所在审理"富山骨痛案"中运用。该案中因果关系的判定对刑事因果关系理论的创新有着不可低估的模范作用，案件争议中心问题是富山骨痛病原因是否与被告公司排放的镉存在因果关系，一审裁决中主要运用了疫学因果关系，证明骨痛病主要原因确系慢性镉中毒所致。具体依据有：①此污染物的排放地区有该病发生。②此污染物排放越多，发病人数亦越多。③此污染物少的地方，骨痛患者也少。④此结论与医学和实验的结果不矛盾。并在裁决中指出，从骨痛病理上说，在主要方面是可以证明的，虽然不能否认还存在需要今后进一步查明和研究的课题。该案居于日本四大公害案件首位，尽管是作为民事案件审理并裁决的，但从性质上看，应属于刑事案件。11 在随后1970年国会立法《公害罪法》中规定了类似因果关系的条款。该说不足之处是只适用环境侵害导致疾病范围，不适用所有环境犯罪。

（2）间接反证说。

该说是德国民事证据法上的一种理论学说。将它运用到环境犯罪案件中的规则是：只要弄清如果不是某种污染物排放作用于人体，也就不会有某种疾病或症状发生的事实，尽管这种因果关系只是部分关联事实，但其余大部分或主要事实被推定为存在，并由加害企业来反证其不存在，如果企业不能反证事实不存在，即可认定具有因果关系。日本新舄水俣病案件运用了这一学说。该案争议焦点，不是汞与水俣病之间的因果关系，而是汞的来源是否为被告排放所致。原告主张系工厂排放废液所致，被告则全面否认。

新舄地方裁判所认为，没有必要完全从自然科学角度上去一一证明：①有机汞是以什么样方法和通过什么样的途径混到废液中去，②它是通过什么途径污染了鱼类等，而是根据情节证据推定被告昭和电器公司就是污染源，如果被告拿不出足以推翻这种推定的反证来，那么就可判定具有因果关系。本案适用因果关系间接反证说主要基于以下考虑①受害者所患疾病特征及其原因物质；②原因物质到达受害者身上的途径（污染途径）；③加害企业对原因物质的排放情况（产生、排放装置及生成和排放量）。关于第一点，已有科学的证明（这里的科学性指临床、病理、动物实验的研究后果）；关于第二点，根据积累的情节证据与有关科学的关系已做出无矛盾说明；关于第三点，被告不能反证其工厂不是污染源。因此，可在事实上推定被告即是污染源，因而本案具有法律上因果关系。该案不仅在民事制裁且在刑事制裁上也可断定工厂就是犯人。

（3）推定原则。

实质上是前两种学说的综合运用，包括事实推定和法律推定两种情况。环境犯罪案件因果关系的异常复杂性、难断性使刑事诉讼不能正常发挥有效惩治功能，加上举证责任的倒置，人们开始朝着一定条件下"有罪推定"方向进行新的尝试和探索。日本在《关于危害人身健康的公害犯罪制裁法》中明文规定了推定原则。该法第5条指出，如果由于工厂或企业的业务活动排放了有害于人体健康的物质，导致公众生命、健康受到严重损害，并且认为在发生严重危害的区域内正发生由于该种物质的排放所造成的对公众生命健康的严重危害，此时，便可推定此种危害纯系该排放者所排放的那种有害物质所致。日本1973年审理熊本水俣病运用了该原则，并追究了造成该病的氮气公司领导人的刑事责任，在刑事判决中称：本案是由于企业活动而引起的公害犯罪，必须追究企业领导人法律责任，认定两被告犯过失致死罪，并予以判刑。