（三）争端解决机制程序规则
根据《谅解书》，在WTO框架下解决争端，主要经历以下四个阶段：
1、协商。当协议项下的争端发生后，各方必须首先自行协商解决。具体做法是：如果一缔约方认为它在某协议项下的权利由于另一缔约方的原因受到损失，应当向该缔约方提出磋商的书面请求。收到请求的一方应当在收到此项请求的10日内与对方进行磋商，以便达成双方满意的解决方法。
此项请求还应当向DSB和有关的理事会和委员会通报，并应说明提出请求的理由，包括争端所涉及的措施及其法律依据。收到磋商请求的一方如果自收到此项请求之日起10日内未能做出答复，或在此后30日内或双方约定的期限内未能进行磋商，或者在60日内通过磋商未能解决争端，提出申诉的一方即可请求DSB设立专家小组解决争端。
2、专家小组的设立及对争端事项的审查。DSB应当根据申诉方提出的书面请求设立专家小组。申诉方的书面请求必须阐明是否就他们之间的争端已经进行了磋商，以及其申诉的法律依据。该专家小组至迟应在设立专家小组的请求列入DSB正式程序后的下一次会议上设立，除非DSB一致同意不设立该专家小组。
专家小组一般由3名成员组成，特殊情况下可由5人组成。成员为资深的政府或非政府人员。这些人员以个人的身份而非作为政府代表或任何组织的代表提供服务。专家小组的主要职能是按照与缔约方争端有关的协议中的规定，审查当事方向DSB提交的争端事项，协助DSB就此有关的协议的执行情况提出建议或裁定。专家小组应当协助当事人解决争端。
为此应当向DSB提交有关调查材料的书面报告，说明争端的事实的调查结果，并提出有关的建议。此项报告除向DSB提交外，还应向当事各方提供。报告一般应当在专家小组成立后6个月内提出，但遇有紧急情况，如易腐烂食品，应在3个月内提出。在复杂争端的情况下，也可经书面请求DSB并经批准后延长此项期限，但无论如何不得超过9个月。
专家小组的报告应当向各缔约方分发，为了给各缔约方予足够的时间考虑专家小组的报告，DSB只有在这些报告向各缔约方分发20日后，才考虑通过这些报告。此项报告应在分发后60日内进行评审，争端各方有权全面参与对专家小组报告的评审。他们的各种意见均予以纪录在案。DSB应当在此期限内通过此项报告，除非某一缔约方声称将对此报告提出上诉，或DSB一致决定不采纳此项报告。当争端一方将提出上诉时，此项报告将在上诉结束后再通过。
3、上诉评审程序。只有争端的当事方，而不是任何第三方，才有权对专家小组的建议或裁定提出上诉评审程序。上诉应当仅限于专家小组报告中所涉及的法律问题及由该专家小组所作的法律解释。
在上诉评审程序中，应当由该常设机构中的3人负责审议对专家小组的建议或裁定提出的上诉。已经向DSB通报其与该争端有重大利益的第三方，可向上诉机构提出其书面意见，上诉机构也应给他们予表述其意见的机会。上诉机构对上诉事项所作的决定一般应当在上诉方正式向上诉机构提出就某一事项提出上诉之日起60日内做出，最多也不得超过90日。
上诉机构的报告应当在该报告提交全体缔约方后30日内由DSB通过，并由争端各方无条件地接受。除非DSB一致决议不通过该报告。
4、执行程序。专家小组或上诉机构的报告通过后30日内，有关缔约方必须向DSB通报其对所通过的报告中提出的建议打算采取的措施。如不能立即实施，该缔约方应当在合理的期限内实施。如果未能在此期限内实施，则必须与申诉方进行如何予以补偿的谈判。
如果通过谈判不能达成满意的结果，申诉方可以请求DSB授权其中止对对方所给予的减让或对其所承担的其他义务，也即采取交叉报复措施。申诉方在中止履行减让或其他义务时，应遵循以下原则和程序：①原则上应中止履行与产生违反或损害的同一协议中同一部门的减让或其他义务；如不奏效，则②中止履行同一协议内其他部门中的减让或其他义务；如仍不奏效，则③中止其他协议中的减让或其他义务。
若被诉方对减让水平提出异议，或认为上述原则和程序未得到遵守，则由原专家小组或总干事指定的仲裁员进行仲裁。仲裁员裁定的事项不涉及审查被中止履行的减让和其他义务的性质，而只裁定减让的水平是否与利益的损害水平相当，中止减让或其他义务是否遵循了上述原则和程序。该裁定为终局裁定。
若被诉方对减让水平提出异议，或认为上述原则和程序未得到遵守，则由原专家小组或总干事指定的仲裁员进行仲裁。仲裁员裁定的事项不涉及审查被中止履行的减让和其他义务的性质，而只裁定减让的水平是否与利益的损害水平相当，中止减让或其他义务是否遵循了上述原则和程序。该裁定为终局裁定。
四、WTO争端解决机制的运作实例
海龟案
当海洋生物捕捞者用拖网渔船捕捞海虾时，也顺带地捕杀了在习性上与海虾群居的海龟。海龟是一种珍奇动物，已濒临灭种。为此，在1973年国际社会商订的《濒危野生动植物种国际贸易公约》（CITBS）中就将海龟列为最高级别保护物种。美国也在1973年制定了《濒危物种法》。为防止捕虾时顺带捕杀海龟，美国科学家发明了一种救活装置（TED）：在渔网内装置栅栏，确保海虾入网，而把海龟挡在外面，该装置十分有效，价格也不贵。为推广使用TED，1989年，美国又在《濒危物种法》里增设了一个第609条款，规定凡未能在捕虾的同时放活海龟者，禁止该国的海虾向美进口。
为实施第609条，美国国务院先后于1991、1993和1996年发布了几次“指令”，使第609条款具有了实施细则。下面对第609条款的规定，简要作一介绍。第609条（a）项规定，美国国务院协同商业部“应尽快发起与其他国家进行保护海龟的双边或多边谈判。”该条的（b）项①规定，从1991年5月20日起，对伤及海龟的商业性捕虾所获产品，禁止进口；（b）项②规定，该禁令不适用于有证明书的捕捞国，该规定要求有两种年度证明书，第一种证明给予其捕虾环境，不会顺带捕杀海龟者。 1996年国务院指令具体规定为三种情况：①捕虾海域无海角出设者；②只用手工操作进行捕虾者；③拖网作业区域没有海龟出没。第二种证明要求，须有书面证据表明，使用拖网作业采取了与美国的办法（装有放活设置）相似者。
1996年国务院“指令”规定，所有向美出口的海虾，必须同时填报一个《海虾出口商申请表》，并出具由美国签发的证明件。1991年国务院指令中原规定的第609条款先在加勒比／大西洋西区各国实行，三年内逐步推广。1995年12月29日，美国贸易法限令国务院于1996年5月1日前把禁止进口令扩展到全球。
由于印度、巴基斯坦、马来西亚与泰国对美出口的海虾受到禁止，1996年10月8日，它们先后与美国按WTO解决争端程序进行协商，未获结果，先后请求WTO设立专家组审理此案。专家组审理后做出的裁决认为：美国第609条款规定，违背了WTO自由贸易的规则，对多边贸易体制构成威胁，也不符合GATT1994第20条“一般例外”规定。并重申了第二个金枪鱼案关于“不能允许美国为保护海角等海洋生物而强迫别国采取某种政策。”
专家组在结论中说：“根据以上裁定，我们认为美国根据其《公法101～102》的第609条款实行的禁止海虾及其制品进口，是不符合GATT1994第11条第1款，按第20条也是不合法的。”
1998年7月13日，美国提出上诉。上诉机关组成了以费里沙诺（Feliciano，菲律宾原最高法院院长）为首的三名“成员”组成的复审组，进行了复审。于1998年10月12日提出了“报告”。上诉机构的裁决分三部分，并且推翻了专家组的裁决。它指出：“我们认为，第20条的引言，按其上下文并参照GATT和WTO的目的与宗旨来解释，只有按此解释不会破坏WTO多边贸易体制时，才允许成员方背离GATT的规定，从而不会滥用第20条所含例外。当一个成员方采用使多边框架的市场进入和不歧视待遇失去保障的方式，来危及《WTO协定》运转时，就会发生这类破坏与滥用……
在我们看来，一个成员方采取的措施，就其本身而言，对多边贸易体制的影响似乎不大，但是若其他成员方都仿效的话，就会引起对这个体制的严重威胁。在我们看来，对第20条引言的一种解释若允许一个成员方采取这样一种措施，即以要出口成员方采取某种政策（包括养护政策在内）为条件，才让某种产品进入其市场，那么GATT1994和《WTO协定》就不再是各成员方之间贸易的多边框架，因为这些协定规定的贸易关系的保障和可预见性已受到威胁。由此可见……货物的市场进入变得对同一种产品要遵照附有不同的、乃至相冲突的政策要求，这就迅速导致WTO多边贸易体制的末日……现在实行的第609条款，是某种货物进入美国市场的条件措施，条件是出口成员方要采取美国认为与它的管理办法相似的养护政策……
（专家小组报告）认为，参照（第20条）条文中‘无端的’一词和WTO协定的目的与宗旨，美国这种措施构成了在条件相同各国间‘无端的歧视’，因而不属第20条规定允许措施的范围。”（报告第112段）。上诉机关分析、批评并推翻专家组的这个结论，纠正了专家组在解释法律上的误差。“专家组没有遵循DSU第3条第2款规定的，适用‘国际公法对解释的习惯规则’的所有步骤。如我们曾多次强调的那样，这些规则要求审议条约文字的正常含义，按其上下文来解读，并参照该条约的目的与宗旨。条约解释者必须开始于并集中到要解释的某条款的条文。条款是用文字写成的，解读其上下文首先要找出条约各缔约国的目的与宗旨对于本案，专家组裁决说，美国的措施属于一种应予排除的措施，因为第609条款规定了进入美国国内海虾市场要以出口国采取美国指定的某种养护政策为条件。
“但在我们看来，规定进入一个成员方国内市场以出口成员遵守或采取进口成员方单方面宣布的政策，可以说在某种程度上，是属于第20条（a）到（j）各方面例外的措施的共同特征。（a）到（j）各项所包括的措施是被承认为GATT1994年所规定的实体法义务的例外，因为体现了国内政策的这些措施在性质上已被承认为重要而合法的。我们相信：第609条款是合法的。对本案所涉五种海龟，这是一个本来所有当事方和参加的第三方都承认的要素。由于今天所有七种海龟已都列入《野生动植物濒危物种的国际贸易公约》（CITES）的附件1之中，海龟的‘可用竭性’事实上已是无可争端的问题……”的。
上诉机构对海龟案的裁决具有两个方面的意义：一个方面是协调贸易规则与保护环境需要这两者间冲突的问题，为采用司法方式解决立法难题开辟了一条独特的道路。另一方面是丰富与发展了WTO的司法机制，在适用WTO各涵盖协议的条款时，用司法解释把WTO规则与一般国际法沟通联结起来，把作为国际法渊源（如《国际法院规约》第38条所规定）的国际条约、国际习惯、一般法律原则，判例以及国际公法学家的理论或学说，引为解释WTO法的渊源。因此在学者中出现了一个专用术语，叫“解释的渊源”（interpretative sources）。
作为《建立WTO协定》附件2的《管理争端解决的规则与程序的注解》，在第3条“总则”的第2款中特别规定说：“用国际公法对条约的解释的习惯规则，来阐明这些协议中的权利与义务”。WTO上诉机关在它审理的第一个案件——“美国汽油案”里，就发出了不能把WTO法“与国际公法隔离开”的呼声。在法律解释上，严格地按对国际条约解释的习惯国际法规则——《1969年维也纳条约法公约》第31和32条办事。海龟案的裁决可算得上使用条约解释的习惯规则的一次充分而熟练的演习和展示。同时，这样运转的司法机制，也为WTO法的发展开辟了无限广阔的前景。