一、中央三省制与地方州、郡、县三级制

　　在秦汉传统行政与司法体系合二而一的结构特点下，这一时期的司法体制在传统社会政治经济结构的发展变化过程中，也发生了较大的变化。东汉以来，逐渐形成大地主封建庄园经济，和以豪门士族为核心的贵族官僚大地主集团。法律从极力维护世族大地主政治统治和经济利益出发，魏晋南北朝时期，从全国范围来看，处于封建割据、军阀混战的时间相当长，但每一王朝又都厉行专制主义的中央集权制度。这一时期的行政司法制度以及依据法律制度设立的司法机构，大体上是沿用汉制，但随着形势的变化，也有一些与汉制不同的地方。在内容上有如下几方面主要发展：
（一）中央三省制的形成
　　东汉光武末年，因忧惧朝廷失权，又憎恶强臣篡权，所以"太尉"、"司空"、"司徒"三公尽管仍旧设置，但又使三公事权归于尚书。从而使三公成了虚设之位，尚书的地位则日益显得更加重要。
　　魏初，尚书脱离少府而独立，称为"尚书台"，进而掌理政务。同时，皇帝又设有秘书作为侍从要职，称"秘书令"。魏文帝时，改秘书为中书。尚书的职权逐渐移至中书。随其权力的扩大，中书省形成。于是中书省与尚书台间产生了权限划分问题，结果是规定中书省负责起草诏令，为决策、立法机构；尚书台负责奉行诏令，为执行行政机构。
　　晋代侍中的地位日益显得重要，于是成立了以侍中为主管长官的门下省，用以钳制中书省行使职权。这样，就造成了中书、尚书、门下三省并主的制度。
　　中央三省制的形成，一方面反映了政治机构分工的严密化、合理化，另一方面相对地加强了皇权。无论从哪一方面看，这都有利于中央集权的专制统治。中央三省的形成，使九卿逐渐流为冗曹。梁武帝时为了调整职务，曾增设大府卿、大匠卿、都水卿，使九卿变成十二卿。北魏仍改为九卿。北齐改廷尉为大理，改少府为太府，并改称其官署为"寺"，于是产生了"九寺"的名称。从此、国家机关的名称不再以官衔相称，这是国家机关发展史上的一个重要变化。
（二）地方州、郡、县三级制
　　东汉未年形成了州、郡、县的地方行政制度。魏承汉制，沿用未改。晋武帝时曾大封宗室二十七人为王，建立王国，又设置公、侯、伯、子、男五等爵位。王及公、侯、伯、子、男分领其"国"，各设常备军，形成了大大小小不计其数的土皇帝。这是一种行政划分。与此并行的则为州、郡、县三级行政机构，州设刺史，刺史以下设有别驾、治中、长史、司马等属官。州下设郡，郡的长官为太守，郡太守兼领兵权。郡下设县，县的长官为县令。此外还规定，重要的州刺史为持节都督，次要的为持节，不重要的州单称州牧或卅刺史。北魏的州、郡、县各分上、中、下三等；北齐时，在上、中、下三等中又各有上、中、下之别，按等差设置员额不等的属吏。这表明地方机构的日益严密化。
　　两汉时期，地方的乡治组织比较发达，魏晋南北朝时期，乡治明显废驰。这与战事频繁密切相关。不过晋之乡仍有啬夫，里仍有吏，北魏、北齐也有里长、里正之设。乡官之设，于隋开皇十四年（公元594年）尽行罢去，从此乡治制度日渐衰落。

二、司法机关的扩大演变

　　这一时期司法制度基本承用汉制，但也有一些变化。
（一）中央审判机关廷尉改称大理寺
　　三国时吴称大理，北周称秋官大司寇。北齐改廷尉为大理，并扩建其机构为大理寺，设卿、少卿、丞各一人为主官，其下设正、监、平各一人，律博士四人，明法椽二十四人，司直、明法各十人。
（二）刑部的前身——三公尚书、都官尚书
　　东汉后三省制渐成，尚书台脱离少府成中央最高行政机构。这一重大变革，给司法机构发展以深刻影响。此时虽尚无刑部，但尚书台之下均置有负责司法行政和兼理刑狱的机构。曹魏承汉制，保留三公曹、二千石曹，又增设比部郎，"以司刑狱"；晋初以三公尚书"掌刑狱"，武帝太康年间以吏部尚书取代，"领刑狱"，废三公尚书；南朝宋都官尚书"掌京师非违，兼掌刑狱"；北齐以尚书省六尚书分统列曹，其中殿中尚书统三公曹，"掌五时读时令，诸曹囚帐、断罪、赦日建金鸡等事"，都官尚书统比部曹，"掌诏书律令勾验等事"。
　　中央行政机构兼领司法事务，标志着司法制度逐渐走上司法行政与审判分离而又彼此牵制的道路，反映了传统司法机构的完善与强化的趋势。这一变化为隋唐司法机构和中央三省制的确立提供了雏形。
（三）地方司法机构的变化
　　地方仍沿汉代旧制，司法权由县令、郡太守、州刺使掌领。江南各代重视京畿地区司法职能，赋予其与中央同等权力。如梁在建康设有与廷尉属官相同的正、监、平三官。并以廷尉寺，建康县为两大司法机构，称"廷尉寺为北狱，建康县为南狱，并置正、监、平"。
　　由于战事频繁，地方长官可以"军法从事"为借口擅杀部属平民，而不受通常司法约束。南朝宋曾限定军官"非临军战阵，一律不得专杀"，违者以杀人论，陈时也有"将帅职司军人犯法，自依常科"的规定，但多流于形式。

三、诉讼制度的变化

　　这主要体现在以下几方面：
（一）限制诉讼权利
　　秦汉时许未决犯告发犯罪，秦律有"葆子狱未断而诬告人，其罪当刑为隶臣"的规定。晋代律定："囚徒诬告人犯，罪及亲属"。北魏律规定："诸告事不实者，以其罪罪之"。北齐文宣帝时禁囚犯告诉。制定《案劾格》规定："负罪不得告人事"。唐律亦承之。
（二）皇帝频繁直接干预和参与司法审判
　　如魏明帝太和三年（公元224年）改"平望观"为"听讼观"，史载"每断大狱，常本观临听之"。南朝宋武帝也常"折疑狱"，"录囚徒"，仅永初二年（公元421年）即有五次之多。北周武帝常"听讼于正武殿，自旦及夜，继之以烛"。
（三）直诉制的形成
　　直诉作为制度成于西晋。直诉，即不依诉讼等级直接诉于皇帝或钦差大臣，是诉讼中的特别上诉程序。传说的周代路鼓、肺石之制，汉代有缇萦上书文帝，以已身赎父罪，但均非一种定制。晋武帝设登闻鼓，悬于朝堂外或都城内，百姓可击鼓鸣冤，有司闻声录状上奏。此后历代相承。如北魏太武帝时，于宫阙左面悬鼓，人有冤则挝之，由公车上奏其表，南朝梁亦有"击鼓乞代父命"的记载。
（四）刑讯用测立法
　　《梁律》首定测罚之制。凡在押人犯，不招供者均施以"测罚"之刑。具体作法是"断食三日，听家人进粥二升，女及老小，一百五十刻乃与粥，满千刻止"。《陈律》在此基础上创立"测立"之制，对证据确凿而不招供的囚犯，戴刑具，鞭二十笞三十后，站在高一尺，上尖圆，仅容两足的土堆上。首次为七刻；再次分两回，朝三刻，夕七刻。七日一行鞭，至鞭杖数满一百五十仍不招供，可免死。此方法入隋而止。
（五）死刑复核制度形成
　　魏明帝青龙四年（公元236年）诏："廷尉及天下狱官，诸有死罪具狱以定，非谋反及手杀人，亟语其亲治，有乞恩者，使与奏"。南朝曾规定："其罪甚重辟者，皆如旧先上"。
　　北魏律规定："诸州国之大辟，皆先谳报乃施行"，"当死者，部案奏闻"。又"狱成皆呈，帝亲临问，无异辞怨言乃绝之"。从而使死刑决定权唯归皇帝，一方面是慎刑，另一方面也是控制。
（六）上诉制度的变化
　　曹魏时为简化诉讼，防止讼事拖延，改汉代上诉之制，特别规定："二岁刑以上，除以家人乞鞠之制"。晋代又允许上诉，规定："狱结竟，呼囚鞫语罪状，囚若称枉，欲乞鞫者，许之也"。
　　《北魏律》则规定："狱已成及决竟，经所管，而疑有奸欺，不直于法，及诉冤枉者，得摄讯治之"。
（七）加强自上而下的司法监督
　　秦汉时郡县有权判决死刑，至曹魏、晋代，县令审判权受到限制，凡重囚，县审判后须报郡，由郡守派督邮案验。南朝宋改为将案卷及人犯一并送郡，由郡太守复审后方可执行。如郡太守不能决，再送州刺史，州刺史不能决侧上交中央廷尉。对此，各代还普遍施行特使察囚制度，"如有枉滞以时奏闻"。加强对地方审判的监督。
（八）妇女犯罪行刑上享有特殊规定
　　魏明帝时，为免对女犯用刑使身体裸露，改妇人加笞还从鞭督之例，以罚金代之。《晋律》规定："女人当罚金杖罚者，皆令半之"。《梁律》加以沿用，且扩大对女子的照顾，规定："女人当鞭杖罚者，皆半之"。"女子怀孕，勿得决罚"。《北魏律》则进一步明确："妇人当刑而孕，产后百日乃决"。这其中有礼教因素，但也是社会文明程度提高的结果。

四、监察机关对司法活动的监督

　　这一时期，监察机关仍为御史台，但已从少府独立出来，成为皇帝直接掌握的独立监察机关。长官仍为御史中丞（北魏称御史中尉，南朝叫南司），职权广大，"自皇太子以下，无所不纠"。因地位渐高，中丞以下，设有名目繁多的御史，自魏以后，地方不设监察机关，由中央派御史监察，发展了御史出巡制度。御史甚至可"风闻言事"，对各级官吏进行弹奏。但御史中丞失纠则要免官。
　　东汉时的司隶校尉，魏晋时仍设，与御史中丞"分督百僚"。至东晋废，分其行政权归扬州刺史（京师在扬州），分其监察权归御史台。司隶校尉一职不复存在。