一、清代的司法机关
（一）中央三法司清朝的主要司法体制，也是承袭明朝的制度而来。在中央，刑部、大理寺、都察院三个主要司法机构构成中央“三法司”，成为皇帝之下的最主要的国家司法机构。三法司的职权范围，大体上也与明朝的制度相同，刑部主审，大理寺复核，都察院监督。但刑部的职权，更重于明代。应该说，刑部在清朝是职权最重、也最受朝廷重视的一个司法机构。按照《大清会典》的规定，刑部“掌天下刑罚之政令，以赞上正万民，凡律例轻重之适，听断出入之孚，决宥缓速之宜，赃罚追贷之数，各司以达于部，尚书、侍郎率其属以定议，大事上之，小事则行，以肃邦纪”。
在清朝，都察院是国家的最高监察机关。与中国历史上的监察机构一样，都察院也被视为“风宪衙门”，负责对全国各级、各部门官员的监督和检查，也是皇帝的重要“耳目”。对司法官员的司法活动进行监督，是都察院的职权之一。刑部、都察院、大理寺等“三法司”，共同构成清朝皇帝之下中央最高一级司法机构。按照《大清会典》的说法，这三大司法机构的分工是明确的：持天下之平者部也，执法纠正者院也，办理冤枉者寺也。从理论上讲，三法司之间既有分工，又有配合，共同完成司法使命。但清朝的政治体制，决定了天下司法权责的重心在于刑部，都察院、大理寺在多数情况下并未能发挥监督和复核的平衡作用。
（二）地方司法机构
从司法体制的角度看，清代的地方司法，由低到高分为县、府、臬司和督抚四级。县及与之平行的州、厅，是清朝的基层政权。一切民刑案件，均应以县级为初审机构。按照《大清律例》的规定，“州县自行审理一切户婚、田土等项”。一些轻微的治安、刑事案件，即通常所说的笞杖刑案件，也是由“州县完结，例称自理”。作为基层长官的知州、知县，以行政兼理司法，因而也是一方司法长官。在知州、知县之下，设吏目、典吏等专职属吏，辅助处理司法事务。清朝的一府，下辖数个州、县，知府作为府内行政长官，受理辖区内州县上报的刑事案件，经过审理后，出具意见，上报省级官署。
清朝的臬司，即按察司，是各省主要专职的司法机构，号称是“刑名总汇”，负责复核、审理省内各府、州县上报的刑名案件，核议后加署意见，呈送督抚。同时，按察司还负责一省的狱政，并有监督考核全省官员政绩风纪之责。
清朝各省督抚，即中央派驻地方的总督、巡抚，是地方最高一级行政长官，同时也掌握地方最高司法权。按照清朝的制度，各省的督抚负责审核复拟该省臬司上报的案件，徒刑案件可自行批结，在审结后仅须报刑部备案。充军、流刑及发遣之案则咨报刑部，私刑案件则须准备相关材料向皇帝题奏。死刑的最后决定权操纵在中央、皇帝手中。
（三）刑名幕吏对司法的操纵
清朝司法体制上的一个突出问题，是刑名幕吏对于实际司法的控制和操纵。所谓“刑名幕吏”，是指在国家各政府部门、衙署中协助主管官员办理诉讼案件的书吏和幕友。清朝的官员，绝大多数是通过“八股”式的科举考试而获得官职，对于国家的律法、刑名钱谷等具体事务并不熟悉，在涉及到具体案件的处理时，往往须借助书吏和幕僚的帮助。因此，刑名幕吏就在实际上成为一种重要的职业。清朝的书吏，有“书吏”、“书差”、“书办”、“都办”等名目，具体又分为刑名、钱谷、算写、书启、挂号等不同的专业。在清朝各级地方衙门中，刑名书吏是最为重要的吏职，负责收呈立案、堂审笔录、草拟差票、撰缮文稿、受贮档案等工作，同时也经常根据自己的经验为主管官员提供办案意见。这些书吏不是国家的官员，没有品秩，也没有国家的俸禄。清代的幕友，是指受雇于各级官员，以“私人幕僚”、“私人顾问”的身份，为雇主工作，有：幕宾”、“西席”、“夫子”等名目，最通俗的名称则是“师爷”。由于在清朝做“师爷”的多出自浙江绍兴，所以“绍兴师爷”名满天下。清代做幕友是一种职业，许多屡试不成的土子都以做幕友为谋生途径，逐渐形成了师徒相传的“幕学”。书吏与幕友的不同，在于书吏是受雇于官府，是衙门中人；而幕友则完全是受聘私人，与主官共进退。由于身份不同，幕友的地位一般也高于书吏。
清朝负责刑名案件的书吏和幕友，多是常年接触刑事案件的老吏员，或是经过专门学习、培训的专才，一般都精通律例，并有丰富的刑案经验和官场经验，对于科场出身的官员来说，是办理案件的重要帮手。在实际生活中，许多案件的批词判语，都是出自幕友或书吏之手。刑名幕吏在司法中这种独特的地位，就成为他们操纵司法、上下其手的重要资本。清朝的书吏和幕友都不拿国家的俸禄，正常的收入来源仅是衙门的“工食银两”或雇主所给的佣金，相对而言收入微薄，利用司法上的方便来获取额外的经济利益，就成为大部分刑名幕吏的追求。因此，清朝司法的公正性又多受了一重消极的影响。
二、清代会审制度的发展
在审判制度方面，清朝全面继承了明朝关于控诉、证据、拷讯、回避等诉讼制度。在会审组织和会审制度方面，清朝在承袭明朝会审制度的基础上，进一步发展出一套更为完善的会审体制。（一）九卿会审
“九卿会审”是在明朝“九卿圆审”基础上发展而成的一种会审组织。“九卿”包括六部尚书、大理寺卿、都察院左都御史、通政司通政使等九个重要官员。按照清朝的制度，凡属全国性的重要案件，特别是每年判决的斩监候、绞监候案件，需要由九卿组成最高一级的会审机构会同审理，以示重视。在清代的“秋审”、“朝审”中，一般都有九卿参与会审。
（二）秋审和朝审
“秋审”是清朝最著名也是最重要的一种会审形式，因在每年秋天举行而得名。按照清朝的制度，死刑分为“立决”与“监候”两种形式。纳入每年秋审的案件，主要是地方上报的斩监候和绞监候的案件。每年秋审之前，各省督抚须对本地斩、绞监候案先行审核或审理，拟具初步意见，并“刊刷检册”，即准备相关文书证词等，分送九卿詹事科道，供秋审时参阅。至当年八月，在北京天安门金水桥西会同审理。“秋审”被认为是国家的大典，所以有时皇帝也会亲临，以示重视。
“朝审”是清朝秋审以外的另一重要的会审形式。朝审所复审的案件，主要是刑部判决的案件，以及京城附近发生的斩监候、绞监候案件。举行朝审的时间略迟于秋审，于每年霜降后10日进行。朝审的程序，与秋审基本相同。
清朝经秋审或朝审的案件，一般分为情实、缓决、可矜、留养承嗣等四种情况处理。所谓“情实”，是指案情属实，适用法律并无不当。这种情况当然是“奉旨勾决”，下令执行死刑。“缓决”是指案情尚有疑问，暂时将人犯再行监禁，留待下一年秋审或朝审再行审理。“可矜”是指案情虽属实，但有可以宽恕的情节，此种情形大多可以免于处死，改判其他刑罚。“留养承嗣”则是在符合“孀妇独子”等留养条件的情形下，经刑部提出留养申请，获得皇帝首肯后，免于死刑，在施以一定处罚后准其留养。
作为朝廷极为重视的国家“大典”，秋审与朝审的形式意义重于实质意义。因为全国上千监候案件，在一天之内审结完毕，所以审理只不过是象征性的仪式而已。不过，从宏观上看，秋审、朝审仍然可以视为是清朝实行的一种重要的恤刑制度。因为虽然秋审、朝审的审理过程流于形式，但有关各方在审理之前的准备工作是比较仔细的。而且因为有秋审、朝审着重复审的程序存在，也在客观上迫使各司法机构对于思想案件的审理、判决比较慎重。从清朝档案材料所反映的情况看，秋审和朝审后，被列入“缓决”一类的情形也较多。
（三）热审
“热审”也是清朝实行的一种复审形式，于每年小满后10日至立秋前1日举行，由大理寺左右二寺官员，会同各道御史及刑部承办司官员审理发生在京师的笞杖刑案件。目的是加快笞杖刑案件的审理判决，疏通监狱，以防在暑热天气庾毙狱囚。