一、司法机关的变化

　　清廷于1906年9月颁布“仿行预备立宪”诏令的次日，宣布仿照资产阶级国家“三权分立”原则“更定官制”，使司法与行政分立，一改几千年来司法行政合一的体制。
（一）“司法独立”原则下的中央司法机构改革
1、刑部改法部
　　光绪三十二年九月（公元1906年10月）清廷下诏将刑部改为法部，专任司法行政。
2、大理寺改大理院
　　前述同一诏令将大理寺改为大理院，作为全国最高审判机关。同年颁布了由大理院拟定的《大理院审判编制法》，规定了京师地方的司法机构改革。
　　宣统元年（公元1910年）抄袭日本《裁判所构成法》编订颁布的《法院编制法》，进一步确认：大理院为最高审判机关，并有统一解释法令权。大理院设正卿一名，少卿一名，负全院事务之责。内设刑事科，民事科，各设推丞一名，负责本科事务。下设庭，庭设庭长。至此，正式废除三法司制度，确立了近代中央司法机关的规模。
3、设总检察厅
　　随着法部和大理院的设立，将最初置于法部内的总检察厅改设于大理院。作为最高检察机关。《法院编制法》第十一章〈检察厅〉规定：总检察厅设厅丞一名，二名以上检察官。独立行使检察权，取消了自明代以来的都察院。
（二）“四级三审制”与地方司法机构的设立
1、京师地方审判机构
　　《法院编制法》确立了由下至上的城（乡）谳局，地方审判厅，高等审判厅和大理院的四级三审制，次年颁行《各级审判厅试办章程》，俨然一幅资产阶级法制的形象。
2、各省地方审判机构
　　1906年始，决定各省设高等审判厅，府（直隶州）设地方审判厅，州县设初级审判厅，将四级三审制推向全国。此后由《法院编制法》固定下来。
3、地方审判机构的组成
（1）初级审判厅由一至二人以上推事组成。地方审判厅，在京师设厅丞一名，在各省地方设厅长一名负责全厅事务，厅内分民、刑庭，设庭长，置二名以上推事。高等审判厅设厅丞一名，负责全厅事务，厅内分民、刑庭，设庭长，置二名以上推事。
（2）地方各级审判厅内设检察厅。初级检察厅设一至二名以上检察官，地方检察厅、高等检察厅分设一名检察长，二名以上检察官。
　　此外，各省按察使改名提法司，作为地方司法行政机关。实际上以上改革除京师、天津等个别地方外并未普遍推行。而京师法院审理刑讯，仍是老一套，法律规定多是徒俱虚名而已。

二、诉讼审判制度的改革

（一）确定司法独立原则
　　《大理院审判编制法》规定：自大理院以下及本院所属各级审判厅，“关于司法裁判全不受行政衙门干涉，以重国家司法独立大权而保人民身体财产。”宪政编查馆《核订法院编制法并另拟各项暂行章程折》重申这一原则。并将其贯彻于《法院编制法》中。虽然实际上尚有出入，但这毕竟是司法独立在中国的立法先声，是对传统的皇帝总揽司法权的否定。
（二）区别刑事、民事诉讼
　　《各级审判厅试办章程》规定：“凡审判案件，分别刑事民事二项”。区别是：“凡因诉讼而审定理之曲直者属民事案件”。从而结束了中央审判衙门以审判刑事案件为主，地方审判衙门刑、民诉讼不分的历史。《大理院审判编制法》还确定大理院及所属法院分设刑庭、民庭，分别审理刑事、民事案件。
（三）审判权、检察权分立
　　古代监察机关御史台、都察院，职权主要是“纠弹百官”，同时享有对疑难重案的审判参予权。实质上是监察、审判权兼有。
　　1906年11月，清廷改组司法机构，明定总检察厅专司法律监督之责，使检察权与审判权分立。《大理院审判编制法》规定：“凡大理院以下审判厅局均须设有检察官。其检察局附属该衙署之内。检察官于刑事有提起公诉之责。检察官可请求用正当之法律”。《各级审判厅试办章程》和《法院编制法》还明确规定了检察机关依刑事诉讼律及其它法令，有搜查处分，提起公诉，实行公诉，监察判决执行等权力。依民事诉讼律及其它法令，对民事案件有为诉讼当事人或公益代表人行特定事宜之权。从此，资产阶级检察制度开始在中国逐步建立。
（四）承认辩护制度
　　古代刑事审判采用纠问式为主的方式，没有辩护制度存在的余地，理论上实行有罪推定。
　　1906年的《大清刑事民事诉讼法》首次确定辩护制度，规定：“凡律师俱准在各公堂为人辩案。”但因守旧势力反对未及颁行。直到1910年的《法院编制法》才承认律师和律师出庭辩护的制度，规定：“律师在法庭代理诉讼或辩护案件，其言语举动如有不当，审判长禁止其代理、辩护。其作律师而为诉令代理人或辩护人者，亦同”。此后中国始有律师制度。
（五）狱政制度的改革与“模范监狱”的设立
1、狱政制度的改革
（1）制定《大清监狱律草案》。近代刑法理论认为，刑事法律是：“全体刑法”，包括刑法、诉讼法、监狱法，因此，在“模范列强”的清末立法活动中，产生了刑律、诉讼律、监狱律关系论。在此理论支配下，为配合刑律、诉讼律的实施，修订法律馆大臣沈家本聘请日本监狱学家注河滋次郎，于1910年起草了《大清监狱律草案》，也是近代改良监狱的第一张蓝图。该“草案”规定：监狱是执行自由刑、限制受刑人自由，使受教化、服国法而后复归社会的场所。监狱分男、女监和少年监。该“草案”虽因清亡未及颁行，但对改进监管仍有意义，并成为民国制定监狱法的蓝本。
（2）改革监狱管理机构。清代监狱属原刑部提牢厅管理。1906年改革官制，法部将旧刑部十七司裁并。其中专设典狱司，置郎中三人，员外、主事各四人，分管直省监狱、警察、习艺所，以及罪犯名册、衣粮费用和编纂监狱法规及统计书表等。
2、“模范监狱”的设立
（1）建立罪犯习艺所。1902年，山西巡抚赵尔巽奏准设立罪犯习艺所，收受被判充军、流、徒刑等罪犯和不孝及奸、盗、诈伪的犯人。使其接受农业、手工业等职业训练。成为建立犯人劳动农场或工厂之始。此后，全国各地纷纷效法，著名的有：顺天府习艺所、江苏省习艺所，开创了改造罪犯的新路。
（2）设立模范监狱。1903年经清廷批准，仿资本主义国家监狱，建立京师模范监狱。它建筑新颖，管理严明，设有监狱办公楼、杂居监、分房监、工场、女监、病监。一扫以往狱室鄙陋，囚系惨刻的状况。成为中国第一个近代建筑构造和管理方式的监狱。因管理体制的改变亦遭到传统势力反对，指责“模范监狱颐养罪囚，人亦何乐而不犯罪”。但终因改善犯人处境，便于监管，因而得以推广，各省仿效，如奉天模范监狱等。促进了国家监狱设施和管理的近代化。
　　《大清律例》规定：妇女涉讼到堂及女“未决犯”，交官媒收押听侯审判。官媒乘机敲诈勒索，蹂躏残害。为此，1908年10月17日法部奏准革除官媒，建立女犯看守所。改变了“妇女凡一涉讼，差役需索于前，官媒留难于后，生命财产俱蹈危机”的状况。